Peter Schipka wurde am 29. Dezember 1970 in Wien geboren, wo er auch Kindheit, Schul- und Studienzeit verbrachte.
Nach der Schulzeit absolvierte Schipka von 1989 bis 1994 das Studium der Rechtswissenschaften an der Universität Wien, arbeitete von 1992 bis 1995 zugleich als Assistent am Institut für Strafrecht und Kriminologie der Universität Wien und promovierte 1997 zum Doktor juris.
2002 schloss er das Studium der katholischen Fachtheologie an der Universität Wien ab, das er 1995 begonnen und das ihn im Studienjahr 1997/98 nach Oxford (GB) geführt hatte. Von 2000 bis 2002 war Schipka auch als Assistent am Institut für Sozialethik der Universität Wien tätig.
2001 wurde er zum Diakon geweiht, im Jahr darauf empfing er die Priesterweihe im Wiener Stephansdom. Seine daran anschließende Kaplanszeit verbrachte Schipka in Mödling (Pfarre St. Othmar). In diesem Zeitraum unterrichtete er auch als Religionslehrer an einer Hauptschule.
2004 führte ihn ein Promotionsstudium im Bereich der Moraltheologie an die Universität Regensburg. Von 2007 bis 2010 war er zugleich als wissenschaftlicher Mitarbeiter am Lehrstuhl für Moraltheologie tätig. 2010 kehrte Schipka nach Wien zurück, wo er bis zum Sommer 2016 als zuständiger Priester die Pfarre Rodaun–Wien 23 leitete. Im Jahr 2014 promovierte er im Fach Moraltheologie an der Karl-Franzens-Universität Graz zum Doktor der Theologie.
Die Österreichische Bischofskonferenz hat Peter Schipka am 18. November 2010 zu ihrem Generalsekretär gewählt. Am
1. März 2011 hat er dieses Amt angetreten. Seit Februar 2020 ist Peter Schipka Rektor der Wiener Hofburgkapelle.