Jeden Sonntag von Mitte September bis Ende Juni findet um 9:15 Uhr in der Hofburgkapelle ein katholischer Gottesdienst (Heilige Messe in großteils lateinischer Sprache) statt. Damit wird eine über 500-jährige Tradition fortgesetzt, die in der Zeit der Habsburger-Herrscher des 15. Jahrhunderts ihren Ausgang genommen hat. Einzigartig ist bis heute die musikalische Gestaltung der Gottesdienste durch das Ensemble der Wiener Hofmusikkapelle. Dieses besteht aus den Wiener Sängerknaben, Mitgliedern des Orchesters und des Herrenchors der Wiener Staatsoper und musiziert auf der obersten Empore der Hofburgkapelle.
Die wechselnden Teile der Heiligen Messe, das sogenannte Proprium (Introitus, Graduale, Alleluja, Tractus, Offertorium und Communio), werden von der Choralschola der Wiener Hofburgkapelle ausgeführt, die sich aus ehemaligen Wiener Sängerknaben zusammensetzt. Die gleichbleibenden Messabschnitte, das Ordinarium (Kyrie, Gloria, Credo, Sanctus-Benedictus und Agnus Dei), erklingen in Form bedeutender Messvertonungen der Komponisten Joseph Haydn, Wolfgang Amadeus Mozart, Ludwig van Beethoven, Franz Schubert und Anton Bruckner.
Des Weiteren bringt die Hofmusikkapelle, auch seltener gespielte Messen von Komponisten wie Heinrich Isaac, Jacobus Gallus, Hans Leo Hassler, Antonio Caldara, Johann Joseph Fux, Michael Haydn und Antonio Salieri zum Erklingen.
Am Ende der Heiligen Messe singen die Wiener Sängerknaben a cappella im Altarraum.